Die SVP lehnt das Bundesgesetz zur Subventionierung des Instituts für Föderalismus ab. Es ist keine Bundesaufgabe ein Forschungsinstitut zu subventionieren. Bereits heute bekommt das Institut durch seine Angliederung an die Universität Freiburg Bundesgelder. Das Bundesgesetz ist eine einseitige Privilegierung dieser Forschungsanstalt und somit verfassungsrechtlich problematisch. Für die SVP stellt sich die Grundsatzfrage nach der Ausrichtung des Instituts. Ursprünglich in der Erforschung kantonaler Rechtsprechung beheimatet, ist das Institut mittlerweile ein Teil der internationalen Entwicklungszusammenarbeit.
Gemäss Selbstbeschrieb auf der Homepage ist das Institut für Föderalismus «ein national und international anerkanntes, politisch unabhängiges Kompetenzzentrum in Fragen der Staatsführung». Der erklärte Anspruch des Instituts ist es, «wissenschaftlich fundierte und praxistaugliche Beiträge zur Konkretisierung und Weiterentwicklung der guten Staatsorganisation» zu erarbeiten. Für die SVP ist klar, dass die «gute Staatsorganisation» eine subsidiäre ist, sprich demokratisch aus dem Volk entwickelt und vom Volk getragen werden muss. Es ist deshalb ein Widerspruch, wenn ein vom Bundesstaat finanziertes Forschungsinstitut diese Prozesse aus der Ferne weiterentwickeln soll.
Ein weiterer Kritikpunkt für die SVP ist die Ausrichtung des Instituts für Föderalismus. In den Anfangsjahren konzentrierte man sich «in erster Linie auf die Erforschung der Grundfragen des Föderalismus und die Dokumentation des kantonalen und liechtensteinischen Rechts sowie der kantonalen Rechtsprechung.» Seit den 1990er Jahren wurde die Forschungstätigkeit internationaler, sie wurde «in Zusammenarbeit mit der Direktion für Entwicklungszusammenarbeit (DEZA) und anderen nationalen und internationalen Akteuren» massiv ausgeweitet. So sollen Staaten unterstützt werden, «die durch Konflikte, Fragilität und sprachliche, religiöse oder ethnische Konflikte geprägt sind».
Die SVP lehnt die Subventionierung des Instituts für Föderalismus durch den Bund ab. Einerseits wegen der beschriebenen internationalen Ausrichtung, welche bereits durch andere, vom Bund mitfinanzierte Institutionen und Organisationen wahrgenommen werden (beispielsweise durch die Genfer Zentren). Andererseits, weil das Institut bereits heute durch seine Angliederung an die Universität Freiburg, welche Beiträge gestützt auf das Hochschulförderungs- und -koordinationsgesetz erhält, von einer finanziellen Unterstützung des Bundes profitiert. Die Schaffung eines neuen Subventionstatbestandes durch ein eigenes Bundesgesetz ist auch verfassungsrechtlich problematisch. Damit würde der Bund das Institut gegenüber anderen wissenschaftlichen Einrichtungen, die ähnliche Dienstleistungen anbieten und denen der Zugang zu Subventionen nicht eröffnet würde, einseitig privilegieren.
Es sollten grundsätzlich nur Aufgaben, die über die Möglichkeiten der Kantone hinausgehen oder eine einheitliche Regelung erfordern, an den Bund übertragen werden. Der in der parlamentarischen Debatte genannte jährliche Grundfinanzierungsbedarf des Instituts für Föderalismus von bis zu einer Million Franken liegt absolut im Rahmen der Möglichkeiten der Kantone. Der Bundesrat selbst hat sich gegen eine Beteiligung des Bundes an der Grundfinanzierung ausgesprochen und zieht die bisherige Zusammenarbeit auf Mandatsbasis vor, wenn ein Bedarf an den Dienstleistungen des Instituts besteht. Die SVP unterstützt die Haltung des Bundesrates in diesem Punkt.
Die Vorlage geht zurück auf die in beiden Räten grossmehrheitlich angenommene Motion der Staatspolitischen Kommission des Nationalrates «Kompetenzzentrum für Föderalismus. Beteiligung an der Grundfinanzierung». Im Nationalrat stimmte die grosse Mehrheit der SVP-Fraktion gegen die Annahme der Motion. Der Bundesrat empfahl die Ablehnung der Motion. Die SVP weist den nun vorliegenden Entwurf des Bundesgesetzes über Finanzhilfen für das Institut für Föderalismus vollumfänglich zurück.